Về mặt quân sự, năm 1961 thành lập các vùng chiến thuật, đến năm 1970 đổi tên là Quân khu. Lúc đầu có 3 vùng chiến thuật được đánh số 1, 2, 3, đến năm 1964 lập thêm vùng chiến thuật 4. Mỗi vùng chiến thuật do 1 quân đoàn phụ trách. Dưới vùng chiến thuật là các khu chiến thuật do 1 sư đoàn phụ trách. Bộ tư lệnh quân đoàn đồng thời là Bộ tư lệnh vùng chiến thuật (trừ quân đoàn 2), còn Bộ tư lệnh sư đoàn đồng thời là Bộ tư lệnh khu chiến thuật. Các vùng chiến thuật có địa giới như sau:

• Vùng I chiến thuật, Bộ chỉ huy ở Đà Nẵng, gồm 5 tỉnh:
  • Khu 11 chiến thuật, gồm 2 tỉnh Quảng Trị, Thừa Thiên
  • Khu 12 chiến thuật, gồm 2 tỉnh Quảng Tín, Quảng Ngãi
  • Đặc khu Quảng Nam, gồm tỉnh Quảng Nam và thị xã Đà Nẵng
• Vùng II chiến thuật, Bộ tư lệnh vùng 2 chiến thuật ở Nha Trang, nhưng Bộ tư lệnh quân đoàn 2 ở Pleiku (từ giữa tháng 3 năm 1975 phải chuyển về Nha Trang), gồm 12 tỉnh:
  • Khu 22 chiến thuật, gồm 3 tỉnh Bình Định, Phú Yên, Phú Bổn
  • Khu 23 chiến thuật, gồm 7 tỉnh Darlac, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Tuyên Đức, Quảng Đức, Lâm Đồng và thị xã Cam Ranh
  • Biệt khu 24, gồm 2 tỉnh Kon Tum, Pleiku
• Vùng III chiến thuật, Bộ chỉ huy ở Biên Hòa, gồm 10 tỉnh:
  • Khu 31 chiến thuật, gồm 3 tỉnh Tây Ninh, Hậu Nghĩa, Long An
  • Khu 32 chiến thuật, gồm 3 tỉnh Phước Long, Bình Long, Bình Dương
  • Khu 33 chiến thuật, gồm 4 tỉnh Bình Tuy, Phước Tuy, Long Khánh, Biên Hòa và thị xã Vũng Tàu
• Vùng IV chiến thuật, Bộ chỉ huy ở Cần Thơ, gồm 16 tỉnh:
  • Khu chiến thuật Định Tường, gồm 4 tỉnh Kiến Tường, Định Tường, Gò Công, Kiến Hòa
  • Khu 41 chiến thuật, gồm 7 tỉnh Kiến Phong, Châu Đốc, Vĩnh Long, Vĩnh Bình, An Giang, Kiên Giang, Sa Đéc
  • Khu 42 chiến thuật, gồm 5 tỉnh Phong Dinh, Chương Thiện, Ba Xuyên, Bạc Liêu, An Xuyên

Ngày 1/7/1970, 4 vùng chiến thuật chuyển thành 4 Quân khu, thì bỏ cấp khu chiến thuật.

• Quân khu I gồm 5 tỉnh Thừa Thiên, Quảng Trị, Quảng Nam, Quảng Tín, Quảng Ngãi và đặc khu Đà Nẵng.
• Quân khu II gồm 12 tỉnh và đặc khu Cam Ranh với diện tích 78.841 km vuông, chiếm gần phân nửa lãnh thổ Việt Nam Cộng Hòa nhưng chỉ có gần 3 triệu dân sinh sống.
• Quân khu III gồm 11 tỉnh[47] và đặc khu Vũng Tàu. Biệt khu Thủ đô (Sài Gòn - Gia Định) cũng trực thuộc vào quân khu.
• Quân khu IV có 16 tỉnh.

Các tỉnh về mặt quân sự là các tiểu khu, còn các quận là các chi khu.